L’exposition permanente, " Mémoire d’Estuaire " retrace, sur 550 m², les grands thèmes de l'histoire de Saint-Nazaire, de la préhistoire à nos jours. L'histoire de la création du port au XIX^e siècle et son développement avec les professions portuaires et maritimes sont évoqués par des maquettes de navires et des illustrations originales.

Le label "Musée de France" attribué par le ministère de la Culture atteste de la qualité du contenu de cette exposition.

Les grandes phases de l'évolution technique et humaine des industries navale et aéronautique à Saint-Nazaire sont retracées avec la présentation de maquettes de navires célèbres dont Normandie (1935) et France (1962), des maquettes de soufflerie des premiers hydravions Loire des années 1930. La ville d'avant-guerre, puis celle de la reconstruction avec l'histoire de ses habitants sont représentées par des films d'archives et des documents inédits.